“宏观调控”这个名词，在当今中国经济界非常的混沌，甚至已成了一个天天在使用，却一直没有被定义清楚的概念，其要害之处在于，如何看待中央政府对宏观经济的干预方式。
　　从改革开放之初起，理论界形成了多派意见，其中之一是“放权派”，主张中央政府对地方政府和企业统统实行放权让利，另外还有“收权派”，主张维持中央高度集权的计划经济体制。从现有的资料看，身在耶鲁的吴敬琏是第一个提出不能把改革与放权简单地等同的中国学者。
　　吴敬琏的观点很独特，早在上世纪80年代中期，他就提出，不应笼统地提倡放权或收权，而是区分出“行政性分权”和“经济性分权”（亦称“市场性分权”）两个概念。所谓“行政性分权”是指中央把权力下放给省（区）、市、县政府，由地方行政机构对整个经济进行管理的经济；而“经济性分权”是指，由企业根据市场价格信号进行决策。吴敬琏认为，“行政性分权充其量只不过使企业从原来中央机关的附属物变为地方行政机关的附属物，并不能使企业成为独立的商品生产者，也不能改善经济机制。所以，在保持命令经济框架不变的情况下实行分权，损害了计划经济所要求的政令统一。因为，用行政命令配置资源是计划经济的本质要求。如果不是这样，而是在命令经济框架下实行层层分权，其结果只能是政出多门，使整个经济陷于混乱。”因此，他认为，“分权的命令经济是一种最坏的命令经济。”
　　由以上的理论阐述，吴敬琏得出了一个十分重要的结论：不应当笼统地把改革的目标规定为“分权”，而应当区分性质不同的两种分权，即建立在市场经济基础上的分权型经济（经济性分权）和保持计划经济框架的分权型经济（行政性分权）。所以，改革的关键是建立以独立自主的企业为基础的市场制度，而不是向地方政府分权。
　　吴敬琏向来强调中央政府对宏观经济的调控能力，也正因此，他被某些自由派的经济学家称为是“改革派中的保守派”。然而在他看来，有一个问题没有引起理论界足够的重视，那就是，中央政府以怎样的方式来进行调控，以及政府调控的边界在哪里？
　　他的观点是：中央政府应该秉持间接调控和总量调控，通过信贷和财政的杠杆来发挥自己的作用，而绝对不应当把手伸到微观经济领域。在多个场合，他曾举一例，以说明政府体制改革的落后已影响到了经济改革的深化。
　　他曾经参加过中央编制委员会和外国机构合作召开的两次论证会，主题是讨论宏观调控机构的设置课题。两次会议上，中方提出的方案都认为，应当设置四个宏观调控机构，这就是中央银行、财政部、国家计委和国家经委。吴敬琏和外方一些学者则根据常规的经济学理论，认为计委和经委不应当被列入宏观调控机构，因为一旦列入，势必形成对企业决策的微观干预。
　　双方相持不下。每次到争论的最后，外方代表都会拿出1993年中共十四届三中全会《关于建立社会主义市场经济体制的若干问题的决议》来念，说你们党中央的决议都已经说清楚了，宏观调控是间接调控，总量调控。既然这样，宏观调控机构只能是财政部和中央银行，而不能有其他。
　　吴敬琏无奈地说，“可是后来宏观调控机构还是按四机构的方案设置的。现在我们可以看到，体制、机制不改，机构其实是改不动的。有人说北京目前为了‘跑部钱进’而排队的有四条人龙：计委前面有两条，一条跑国债投资，一条跑西部开发项目；经委前面也有两条，一条跑技术改造贴息贷款，一条跑债转股。有资源配置权力的‘宏观调控机构’门庭若市，车水马龙，为分钱、分项目忙得不可开交。如果真是这样，那简直是对‘市场经济’的讽刺。”
　　对宏观调控职能的定义偏差，在现实工作中呈现出了让人担忧的后果。就是在2004年，主流意见把宏观形势的问题性质确定为“局部过热”，采取的主要措施正是由主管部委联合发文，采用审批等行政手段对钢铁、电解铝、水泥等“过热行业”的投资、生产活动进行严格控制。从那时起，“宏观调控要以行政调控为主”就成为正式的指导方针。